湯舟沢遺跡の特徴は、単に複合遺跡（縄文時代・弥生時代・平安時代と幅広く、更に、各時代の中でも各時期のものが発見されているもの）であるということだけではなく、発見された遺構や遺物の数の多さであり、多種多様さであるといえる。
中でも特筆すべきは、縄文時代後期（約4千年前）の「配石遺構群」と弥生時代（2千年前～1千8百年前）の集落跡の存在である。